Istituita come Sottosezione di Archivio di Stato di Urbino con d.m. 19 agosto 1955, fu trasformata in Sezione di Archivio di Stato con d.m. 10 luglio 1965, dipendente dall’Archivio di Stato di Pesaro. Dal mese di giugno del 1978 fu trasferita al primo piano di Palazzo Corboli e dal 2007 è stato recuperato il complesso scolastico Giovanni Pascoli, in Piano Santa Lucia in cui risiede attualmente.