L’ex complesso conventuale di San Francesco della Scarpa sorge ai limiti della città vecchia di Bari, in un’area in origine lambita sul lato nord-ovest direttamente dal mare.’indagine archeologica, avviata durante i lavori di restauro degli anni ’70 del Novecento, ha evidenziato la precoce antropizzazione dell’area. Lo scavo eseguito nel vano absidale della chiesa conventuale ha restituito le testimonianze di un abitato capannicolo dell’Età del Bronzo, una sepoltura a enchytrismòs datata tra età arcaica e classica (VI-V a.C.) e resti di un quartiere abitativo della città romana, con fasi di età repubblicana e della prima età imperiale.Nel 1220 la famiglia Dottula concesse ai Frati Minori la cappella di santa Caterina, comprendente una vasta area sulla quale si svilupperà, nel tempo, la struttura conventuale.La chiesa, dedicata a san Francesco, fu concepita come ampliamento della cappella di santa Caterina; i lavori, intervallati da prolungati periodi di stasi, si conclusero tra il 1306 ed il 1321. La struttura icnografica della chiesa, a nave unica, originariamente con coperture a capriate lignee comprende il coro, coperto da una volta in pietra squadrata a crociera nervata, archiacuta, terminante in quattro colonnine angolari sormontate da capitelli, diversi fra loro per disegno e dettagli decorativi e fitomorfi. All’aula erano collegati due ambienti, posti sul lato sinistro dell’abside, entrambi voltati con crociera rialzata, segnata da costoloni poggianti su quattro peducci terminali posti in corrispondenza delle imposte. La cappella, già dedicata a santa Caterina, era compresa nel nuovo edificio sacro sul fianco destro dell’abside. Il suo impianto murario venne, probabilmente, utilizzato per sopraelevare una torre campanaria della quale sono evidenti solo alcune tracce.Con l’avvento della stirpe dinastica angioino-durazzesca (1380-1442) ripresero i lavori che consentirono la costruzione dell’ala attigua alla sacrestia, con sviluppo da Sud Est a Nord Ovest. La fabbrica comprendeva un oratorio ed il refettorio con annessa cucina. Nello stesso periodo venne completata la costruzione di alcune celle del dormitorio dei frati, comprese nell’ala a Nord Ovest, contigua alla precedente, con affaccio verso il mare.Nel 1436 giunsero a Bari i frati dell’Ordine dei Minori Osservanti, verosimilmente da questo momento che si iniziò a distinguere fra Minori Osservanti (che calzavano gli zoccoli) e Minori Conventuali. La costruzione del chiostro, a pianta quadrilatera, ebbe inizio nel 1511.Il restauro successivo alle scosse telluriche del 1631 venne ufficialmente celebrato nel 1672. Nell’occasione la chiesa, ricostruita, venne riconsacrata. Nel 1715 venne restaurata anche la cappella di santa Caterina, adattata per la sopraelevazione della torre campanaria.Con l’inizio dell’uso militare del complesso, per parte francese prima (1798-1815) e poi borbonica (1815-1860), iniziò la decadenza dell’intero complesso. Con l’Unità d’Italia, dopo l’affidamento ad alcune confraternite, proseguì l’uso militare dell’immobile, fino al 1943 anno in cui venne requisito dal comando militare alleato per accogliere le truppe inglesi. Dopo essere stato danneggiato gravemente dall’esplosione di una nave da carico alleata il 9 aprile del 1945, l’edificio venne successivamente destinato a diventare centro di raccolta di profughi.